アオコは，水道水源となる湖沼で大発生した場合，浄水過程におけるろ過障害や水道水におけるカビ臭の原因として知られています。さらに，景観を損なうばかりか，藍藻の呼吸により水中酸素が消費され，酸欠による魚のへい死やその腐敗による悪臭の原因にもなっている。

　現在でも，我が国の湖沼水質は改善が進まず，アオコ問題はおきていますが，最近は海外において，より深刻な問題として注目を集めています。特に，経済発展に伴い環境破壊が進むアジア諸国で大きな社会問題となっている。