　遺伝子組換えとは、生物の細胞から有用な性質を持つ遺伝子を取り出し植物などの細胞の遺伝子に組込み、新しい性質を持たせることをいう。この技術により、従来の品種改良に比べて効率的に改良を行うことができる。遺伝子組換え食品に対する懸念には様々なものがあるが、遺伝子組換え食品は、安全性が確認されたものだけが製造、輸入、販売されており、安全性が確認された遺伝子組換え農産物とその加工食品については、食品衛生法及びJAS法に基づく表示制度により、平成13年4月から表示が義務付けられている。表示義務の対象となるのは、大豆、トウモロコシ、ジャガイモ（ばれいしょ）、ナタネ、ワタ（綿実）、アルファルファ、てんさい、パパイヤの8種類の農産物と、これらを原材料とした加工食品33食品群である（表：8種類の農産物を原材料とした加工食品32食品群）。JAS法では、高オレイン酸含有大豆及びこれを原材料とした
加工食品についても表示が義務付けられている（表：遺伝子組換え食品の表示方法）。
　遺伝子組換え農産物が主な原材料（原材料の上位3位以内で、かつ、全重量の5%以上を占める）でない場合、表示義務はない。また、現時点で厚生労働省による安全性審査の手続きを経た8つの遺伝子組換え農産物以外の農産物（例えば、米や小麦など）及びその加工食品については、「遺伝子組換えでない」などの表示はできない。安全性審査を経た食品及び食品材料は、平成25年2月26日現在、ジャガイモ（8品種）、大豆（12品種）、てんさい（3品種）、とうもろこし（145品種）、なたね（18品種）、わた（27品種）、アルファルファ（3品種）、パパイヤ（1品種）の217品種で、食品添加物では、α-アミラーゼ、キモシン、プルラナーゼ、リパーゼ、リボフラビン、グルコアミラーゼ、α-グルコシルトランスフェラーゼの16品目がある。

食品の安全性を評価する基準としては、主に次のようなものがある。
1) 組み込む前の作物（既存の食品）、組み込む遺伝子、ベクター（遺伝子の運び屋）などはよく解明されたものか、人が食べた経験はあるか。
2) 組み込まれた遺伝子はどのように働くか。
3) 組み込んだ遺伝子からできるタンパク質はヒトに有害ではないか。アレルギーを起こさないか。
4) 組み込まれた遺伝子が間接的に作用し、有害物質などを作る可能性はないか。
5) 食品中の栄養素などが大きく変わらないか。

　遺伝子組換え食品の検査方法としては、大きく2つに分けられ、安全性未審査のものについては、ラテラルフロー法、(定性)PCR法、GUS試験法がある。一方、安全性審査済みのものについては、ELISA法、定量PCR法がある。