　感染症の予防に最も有効な方法として、ワクチンの予防接種がありますが、現在、国内では予防接種法に定められた感染症について、ワクチンによる予防対策が行われています。その効果的な実施のために、ワクチン接種の有効性の解析や、対象となる感染症の実態把握を目的として、厚生労働省は昭和37年から感染症流行予測調査事業を実施しています。具体的には、都道府県の地方衛生研究所が国立感染症研究所と協力し、一般住民の免疫状況（抗体保有状況）の把握や病原体の検索を行っています。
対象となっている感染症は、ポリオ、インフルエンザ、日本脳炎、風疹、及び麻疹の5種類のウイルス感染症と、百日咳、ジフテリア、破傷風の3種類の細菌感染症です。ウイルス感染症については毎年、細菌感染症については5年に1度程度の実施となっています。当研究所ではウイルスについては、日本脳炎、風疹、麻疹の3種類を、細菌については百日咳、ジフテリア、破傷風の3種類を実施しています。