昭和24年10月  福岡県衛生研究所設置条例により、福岡県衛生研究所が発足
 昭和48年9月  保健衛生、環境保全に関する総合試験研究機関として福岡県衛生公害センターが現在地に発足
 平成4年4月  福岡県保健環境研究所に改称、組織を3部12課に改編
 平成13年4月  組織を3部11課に改編
 平成20年4月  組織を3部10課に改編
 平成23年4月  福岡県感染症情報センター及び福岡県がん登録室を設置
 令和元年8月  福岡県気候変動適応センターを設置